由于洛克击败了威利博士的野心，世界迎来了短暂的和平，然而这种虚伪的和平并没有维持很久。一位名叫哥萨克的博士怀揣着和威利一样的野心和威利博士一样，制造了八台邪恶的机器人企图征服世界。于是洛克再次踏上了拯救世界的旅途，击败了八名邪恶机器人后来到了哥萨克博士所在的城堡。一番战斗后将其打败，被打败的哥萨克博士也道出了他要征服世界的真相。
因为自己的女儿被威利博士绑架，以此来要挟哥萨克博士帮助他征服世界。在布鲁斯的帮助下，哥萨克博士的女儿卡林卡被救出。哥萨克博士也站在了洛克一方，恼羞成怒的威利博士乘坐飞船逃走。洛克一路追击又一次抵达威利的城堡，而威利博士也操控着威利机器人4号对洛克展开攻击。一番战斗后威利博士又一次被打败。
趁着洛克不注意时，从暗门逃走，而威利博士也意识到布鲁斯背叛了自己，自己制造的机器人并非布鲁斯的对手，于是计划了一场阴谋让洛克将他干掉。打倒威利博士的两个月后，洛克来到哥萨克博士研究所中做客，哥萨克为了感谢洛克的恩情制作了辅助机器人比特送给洛克。
就在洛克准备比特时，突然收到了来自莱特博士的紧急电话，布鲁斯正带领着机器人军团在肆意破坏着城市并且将莱特博士绑架。在哥萨克博士的帮助下，洛克击败了机器人军团的八个首领闯入了布鲁斯城。历经一番战斗后见到了布鲁斯，但是洛克却被布鲁斯打成重伤。
就在这时，真正的布鲁斯现身，原来将洛克击伤的布鲁斯是威利博士操控的暗黑人四号，将暗黑人击败后威利博士现身，并以莱特博士作为人质威胁洛克。
最终，洛克和威利博士展开了第五次的对决，成功救出莱特博士。但是城堡此时却开始崩塌，靠着洛克的支撑以及布鲁斯的帮助，洛克等人顺利逃出城堡。威利博士趁着混乱之中溜之大吉，各国也开始针对威利做出相关的措施。经过多方的学者共同努力下成立了世界机器人联盟，由各国成员运用来监督全球的机器人，防止再次被威利博士利用。
在背后金主X财团帮助下机器人工业也取得了飞跃式发展。为了展现新世代的机器人力量，全世界选出了八台最强的机器人，每一台都强大到足以毁灭地球。而八名机器人也将参加第一届机器人武道会。
就在比赛没进行多久后会场突然发生了爆炸，X先生出现将八台机器人全部带走，并声称自己就是给威利博士提供帮助的赞助者。为了拯救地球，洛克再一次出发将八台最强机器人一击败后，X先生也在洛克面前揭开了自己的伪装，而他就是威利博士。
于是洛克再次进入威利城堡，第六次将威利博士击败。而这次威利博士终于被成功逮捕，受到各国的严加看管，世界也总算恢复到和平时代。FC平台上的六部洛克人剧情也到此完结。
