前作中说到地球正受到波赞达鲁军和自称监察者的外星人的袭击，同时一度灭亡的DC又再度抬头。地球联邦军的独立部队隆德贝路舰队再次奉命出击，兜甲儿、流龙马等许多民间人士亦出手相助，魔装机神、圣战士也分别来到地球上。此时联邦军内部也不平静，加米托夫和特列斯两股势力明争暗斗，反地球联邦组织奥古开始活动，另外还有神秘的使徒来袭。就在这风云暗涌的时候，殖民卫星突然宣布独立，整个地球圈顿时陷入一片混乱状态……
真实系：第34话 恶意之旋涡（前）
超级系：第34话 国境4号的危机（前）
承接前作的最后一话，隆德贝路舰队击退了哈曼后，从柯瓦特罗上尉口中得知现在殖民卫星已经四分五裂，阿库西斯的哈曼便乘此机会藉着萨比家的名义，拉拢卫星对抗地球联邦政府，令DC复辟。接着，众人又来到殖民卫星桑古王国，女王莉莉娜恳求布拉度解救W高达的驾驶员希罗。如果是真实系的话，主角此时方能得到新的机体棗格修拜斯特mkⅡ。另外，柯瓦特罗和他的百式亦加入队伍中。大家都知道柯瓦特罗就是夏牙，是位非常值得培养的一个角色（他的综合能力数值比阿姆罗、加美尤还要高！）。
且说亚加玛在前往阿库西斯的途中，接到卫星“国境4号”的求救信号，原来是F91的西布克及其女友塞茜莉受到希玛的追杀。F91和比基娜·基娜已经是伤痕累累，HP、EN所剩无及，幸亏两人都是NEWTYPE，回避能力较好。因此，先让两人逃到上方的卫星上补充HP、EN，等第三回合隆德贝路舰队赶到，再与之会合。至于本队派出的人马应尽量选择移动速度快的机体前去救人，且不要忘了带上有回复装置的美塔斯。因为完结篇可以采用前作的记录，因此笔者手下高达系和铁甲万能侠系的角色皆已到达LV40（都是用美塔斯、爱美神补血骗级的），其余一些常用角色亦在LV34左右，各机体也改造得七七八八（花了一千多个回合换来大量的金钱），实力相当强劲，面对希玛这种小喽罗根本就不在话下。
众人救得西布克和塞茜莉后，得知有一部分敌人进入了卫星内，于是便进入港口，清除残留的DC部队。
真实系：第35话 恶意之旋涡（后）
超级系：第35话 国境4号的危机（后）
在34话出击的角色到了这一版气力值会下降许多（根据34话结束时角色的气力值倒扣点数），如果想避免这一情况，在34话即将结束战斗时不停地给其他机体补给，以降低其气力值。敌人初期配置并不多，第2回合敌方行动时，黑色三连星会从左下角率领增援部队赶到。需注意的是现在出现的敌人都是高达系列中的角色，因此回避率和命中率极高，超级系的机器人在此根本发挥不了什么作用。
当战斗结束后，《新机动战记高达W》中的五位少年再度登场，此时特列斯准将的副官蕾蒂·安突然出现，扬言如果那五部高达不投降的话，就要用核武器攻击卫星。正当五人犹豫不决的时候，W高达的制造者J博士下令投降，但不能将高达交出，于是希罗就引爆W高达，五人相继离去。
共通路线：第36话 拉比安玫瑰
经过一场大战，隆德贝路舰队前往拉比安玫瑰补给。在那里终于得到了ZZ高达和全货柜的GP-03（高达的大棉袄？）以及新亚加玛，不过这艘战舰要在第36话结束后才可拿到。
补给结束后，DC军亦杀到此处，领头的竟然是“所罗门的恶梦”阿纳贝尔·卡多！敌人分布在地图的东方，如果对自己的等级有信心的话，不妨主动迎击，否则就驻守拉比安玫瑰候敌。这一关最重要的是留意卡多的气力值，当其数值达到120时，卡多就会使用强大的地图炮！另外，新得到的机体ZZ高达和GP-03也有地图炮，但是来不及改装，因此性能未必很好，尤其是GP-03较弱些。对付卡多那台装甲厚实的GP-02，可以让超级系的V型电磁侠或三一万能侠来对付。到第12回合，琉妮会驾驶着瓦路西奥尼R出现，此时与卡多有对话情节发生。如果在此之前敌全灭后，琉妮亦会登场。琉妮的加入非常重要，因为不仅多了台拥有地图兵器的机体，且安藤正树的风之魔装机神CYBASTER的地图兵器CYFLASH亦会被修好。须知CYBASTER和瓦路西奥尼R的地图兵器均可移动后攻击，且能分辨敌我！因此要着重改装这两台机体及其地图炮。
共通路线：第37话 阿库西斯的攻防
终于到达了阿库西斯，要和哈曼决战了！根据情报，一定要由N FIELD方能攻入阿库西斯，因此必须采取阳动作战掩护本队。参加此次阳动作战的角色有主角及其恋人、安藤正树、阿姆罗、兽战机队、战国魔神、座间翔。第四回合时，隆德贝路本队出现在地图上方，此时哈曼亦会率领大军在阿库西斯附近布阵。因为参与阳动作战的几位皆我方的主力，故在双方大军出现前就可以将敌人的初期部队收拾得差不多了，如此便可以一上一下夹攻敌人。另外，一定要派柯瓦特罗出阵，因为他是可以说得哈曼的。虽然不能令她加入，但对今后的剧情总会有些影响。而哈曼则在HP至90%以下或第八回合时就会离开，因此不必费太大精力对付她，只要越早赶她离开战场即可，否则哈曼的两回行动以及威力强劲的浮游飞翔炮必会给我军带来极大的损失。到了第七回合，卡多鲁和他的沙漠高达会出现在地图的西北方，让阿姆罗或加美尤上前说得，他就会加入。卡多鲁的入队会影响到今后其余四人是否仲间，因此千万不要错过这次机会。战斗结束后，所有的NEWTYPE以及茜拉女王都察觉到一股巨大的压迫感正在逼近，这究竟是怎么一回事呢？
共通路线：第38话 萨比家的亡灵
在地球上，特列斯让蕾蒂担任和平大使与卫星和谈，这引起了加米托夫的不满。另一方面，回到阿库西斯的哈曼接到马修曼的报告，这令她非常震惊，故面对隆德贝路的进攻她只能让马修曼率军出击。
这一战有时间限制，即第四回合我军行动结束后，此战役就强制终了，因此为了获得金钱和经验值，一定要在四个回合内全灭敌人！为了达到此目的，这一战要尽量出动能够两回行动的角色以及携带地图兵器的机体。在阿库西斯上有马修曼、高顿、拉坎、伊莉娅和阿利亚斯这五个小BOSS，需注意除了高顿外，其余四人的命中率、回避率以及HP都相当高，必须集中火力对付他们。
四个回合结束后，哈曼带着三艘超级强袭空母多罗斯出现，而那三艘战舰的主人竟然是在第三次机器人大战中死亡了的萨比家三兄妹！（基雷、吉茜莉娅、多兹鲁三兄妹）在情势不利下，布拉度下令撤退。基雷他们的出现，不仅仅令隆德贝路舰队大吃一惊，连哈曼也大受打击（马上就被赶下了DC首领的宝座，她自然心中十分不满）。哈曼对于三人并不十分相信，虽然DNA的化验证实三人确实不是假冒的，但当美妮瓦看到她的父亲多兹鲁感到害怕时，就更加深了哈曼的怀疑。
共通路线：第39话 玻璃王国
众人回到桑古王国，却看到该卫星正受到提坦斯的攻击。隆德贝路舰队自然不能撒手不管，于是不惜冒着被送上军事法庭的危险，与提坦斯的加曼坎一战！首先，我军最初的任务应该要守住前方的三台铁球。那三台铁球的数值低得可怜，且又是NPC，故只有让两回行动的角色飞速赶到当地，方能救回两台（有一台是必死的）。那么救铁球有什么好处呢？听好了可别昏过去棗只要救回一台铁球，在过版时就可以拿到此机体！虽然铁球堪称最弱的机体，不过样子很可爱，最大用处就是放在仓库里当观赏品。
这一话中，敌人机体的总数在5台以下或加曼坎被击败时，敌人就会撤退。最好的方法就是留下敌人6台机体（包括加曼坎的母舰阿雷克桑多利亚），先将其HP削至3000点以下，然后用地图炮一口气全部清光。
战斗结束后，塞克斯、诺因、基利亚姆三人离队。（意料之中，根据原作中的情节，塞克斯极有可能会作为敌人出现！所以先前没有培养他是比较明智之举。）
共通路线：第40话 阿曼达拉·卡曼达拉
因为隆德贝路舰队违抗提坦斯，故加米托夫中将命令布拉度返回地球接受军事审判。众人在往地球的途中，接到一艘民用战舰的求救信号，赶过去一看，受到希玛攻击的人居然是《重战机L-GAIM》中的“死之商人”阿曼达拉·卡曼达拉。此君虽然为商，但却暗中从事军火交易，并且将武器分别贩卖给波赞达鲁军和反叛军（各位若看过原作的话，便知阿曼达拉就是真正的波赞达鲁！）。
此时的隆德贝路舰队当然不知阿曼达拉的真实身份，自然要尽全力去救他。不过阿曼达拉的战舰荷艾鲁HP高达24000，虽然已经损失了一半HP，但依然能坚持到我军赶到，故不用担心救不了他。当敌人全灭或到达第4回合时，卡多就会率领援军自地图下方出现。此时便要先行收拾卡多的GP-02，避免受到地图炮攻击。
战斗结束后，阿曼达拉为了表示感谢，送与隆德贝路舰队不少好东西：L-GAIM mkⅡ、奴贝尔狄萨多、BASTER LANCHER以及三万大洋。L-GAIM mkⅡ当然是要重点改造，BASTER LANCHER让玩者决定是要安装在L-GAIM上、抑或奴贝尔狄萨多上。
共通路线：第41话 提坦斯的恶意
正当新亚加玛达到地球外围、准备降落时，又有一队DC杀到，领头人竟然又是一个已经死亡的人棗马克贝！而且这阴森的家伙还抓住了普儿、普儿Ⅱ！两人的机体邱贝雷mkⅡ只剩下一半HP、且EN和弹药全部为零，只有呆在原地挨打的份。此时，《新机动战记高达W》中的狄奥突然出现，还扬言要英雄救美。因此，各位千万不要让他抢了饭碗，应尽快赶到普儿、普儿Ⅱ那里，救回她们并不能让狄奥的死神高达“滥杀无辜”。其实不想让狄奥夺取经验值的方法很简单，我军行动时一定要将敌人杀死，不能留下HP不足的敌人。如此一来，狄奥无法将敌人一击必杀，就不会被他抢去太多“生意”了。当全灭敌人后，狄奥立刻倒戈相向，此时派卡多鲁上前说得，他便会加入队伍。
结束战斗后，新亚加玛降落地球，但提坦斯却以空港没有空余位置为由，拒绝隆德贝路舰队降落。所幸一旁的民间空港同意让新亚加玛降落，并还要招待布拉度一行共进晚餐。
共通路线：第42话 诀别（前）
招待隆德贝路舰队的不是别人，正是破岚财团。在席间，众人还得知提坦斯与多雷克军结为同盟，而多雷克的母舰威尔·威普斯就停留在隔壁的军用港口内，这亦是先前提坦斯不让新亚加玛降落的原因。
于是，布拉度决定到提坦斯的基地调查，拍摄下威尔·威普斯的照片作为证据来指控提坦斯。这一话的时间限制是10个回合，在这段时间内玩者要调查全部7个基地（我军机体移动到基地的中央，即自动进行调查），寻找威尔·威普斯的踪影（该舰是停留在你所寻找的最后一个基地内）。此次出击的机体只得6架，且7个基地分散在各方，因此一定要派遣两回行动的角色驾驶移动力高的飞行机体。本话的主要目的是调查，故敌人的实力并不高，大可放心应战。
共通路线：第43话 诀别（后）
得到了提坦斯和多雷克联手这一证据的隆德贝路舰队，打算将此事向全世界公布。当然，提坦斯是不会放过布拉度他们的，该基地的指挥官加狄联系附近的地球联邦军，诬陷隆德贝路舰队反叛。于是，现在隆德贝路舰队面对的敌人是联邦军的布兰。布拉度当然不打算和自己人作对，因此本话的目的就是让母舰从地图的南方脱出，且不能将敌人全灭。所以，母舰的首选自然是布拉度的新亚加玛。
在第二回合时，罗萨米娅的精神力高达mkⅡ出现在地图南面，拦住去路。该机体装甲特别高，且命中力、回避力亦不俗。需超级系的机器人以热血、必中配最大必杀技，与其一战。另外，布兰的亚西玛亦不容忽视。当击倒敌人5架以上的机体时，布兰便确定隆德贝路舰队是存心反叛，这对今后的剧情发展倒不会有什么影响。所以，反正恶人做到底，索性留下一台敌机，其余全灭，然后再施施然地由南面撤退。
真实系：第44话 提坦斯的追击
众人来到光子力研究所附近，兜甲儿提议要回去看看。于是铁甲万能侠的三个人、男女主角以及茜拉暂时离队，本队则继续前行。奥古的地上支援组织卡拉巴在与隆德贝路舰队会合的途中，遭到提坦斯的拦截，刚刚脱险的隆德贝路舰队现在又要去解救卡拉巴的战舰亚乌多姆拉。
战斗一开始，就让有两回行动的角色驾驶ZZ高达或风之魔装机神CYBASTER，以最大速度赶到亚乌多姆拉身边，用热血辅以地图炮，将攻击亚乌多姆拉的敌人全灭。否则，亚乌多姆拉绝对支持不到第2个回合结束！敌人剩余机体不满8架时，其增援部队会在地图南方出现。第6回合时，特洛瓦于东南方出现，可让卡多鲁上前说得。本话结束后，亚乌多姆拉上的两位乘客转至新亚加玛，原来是阿姆罗众多恋人之一简以及布拉度的儿子哈萨维，并且为阿姆罗带来了新高达。此时离队的六人亦归来，并带来了剑铁也以及GREAT MAZINC。
超级系：第44话 绊
且说甲儿等人回到光子力研究所，又遇上阿修罗男爵来袭。这次甲儿不再上当，坦言阿修罗男爵必定以单挑为借口，引他落入陷阱。一番话说得阿修罗男爵哑口无言，支吾了半天最后还是要和甲儿单挑，并出口不逊挑发对方。甲儿气不过，再次上前和阿修罗男爵单挑、再次落入陷阱，被超磁力光线给定住。（这两个活宝真是一个比一个笨！）所幸甲儿的父亲兜剑造博士及时派出GREAT MAZINC前来助阵，解除了甲儿的危机。
这一话的敌人皆铁甲万能侠一系，故命中率、回避率极差，攻击力亦不高，加之我方有两台补血、一台补给机体，即便面对阿修罗男爵和地狱博士两艘母舰，亦面不改色。第3回合地狱博士率领援军登场，两台MAZINC皆皮糙肉厚，大可让其与主角一同对付母舰。
战斗结束后，甲儿想向兜博士表示感谢（他并不知道那人就是自己的父亲），兜剑造博士却只肯以通信和他对话。众人稍事休息后，便急急赶去与隆德贝路舰队会合，甲儿原想弃波士于不顾，不料波士居然“死皮赖脸”地跟了上来，抛弃大铁牛的计划未能成功。
共通路线：第45话 传说的破岚万丈
两队人马会合后，众人突闻提坦斯公开宣布联邦军与拜斯顿威鲁军结为友好同盟！这下隆德贝路舰队成了名符其实的反叛者，并马上遭到提坦斯、联邦正规军混合部队的袭击。
敌人初期配置全由MS组成，以光线武器攻击为主，因此我军出战的机体亦以能防御光线武器的机体优先考虑。当加狄的战舰被击坠、抑或敌机剩余数在6架以下时，敌人就会撤退，故又要巧用地图炮了。当初期配置部队全灭或撤退时，多古加的三将军便带着一大堆假战国魔神登场。此时，在一旁观战的破岚万丈亦忍不住插一脚，出动泰坦3（多古加三将军出场后第二个回合）。实际上，根本轮不到泰坦3赶到，战局已经在握了。至于多古加的三干部，只要有任何一艘战舰被击落，他们就会撤退。
战斗结束后，破岚万丈正式加入，并告之加米托夫将发动政变、一举控制联邦议会！于是，隆德贝路舰队急忙往尤哈尼斯巴克去阻止提坦斯。途中，破岚万丈有事再度离队，不过泰坦3就留了下来。
共通路线：第46话 我有日轮
在赶往尤哈尼斯巴克的途中，再度遭到提坦斯的狙击，不过这次还加上了多雷克军！再者，因为万丈离队故泰坦3由管家时田来驾驶，且他是固定要出击的。我想大多数人都是不会理睬这位老伯的吧？即便让他升级也没多大用处，唯有用泰坦3来削弱敌人的HP，再让其他伙伴上前“捡皮夹子”。
因为敌人是机动战士与圣战士的混合部队，故我方亦要派遣那些回避、命中率高的机体、角色参战。为了对付多雷克的母舰威尔·威普斯，当然少不了V型电磁侠、断空我、这类超级机器人。
第5回合特洛瓦登场，由卡多鲁上前说得。（不能攻击特洛瓦，否则说得失败）另外，加曼坎的战舰被击坠后，敌人就会撤退。在第7回合或战斗结束后，《超兽机神断空我》中的阿兰登场，告之提坦斯企图政变的情报，并表示他们的地下组织已经潜入提坦斯中，可以帮助隆德贝路舰队。而万丈亦同时归队。
共通路线：第47话 恶意的奥拉
众人刚刚击退多雷克，又在沙漠中遇到了毕休特率领的圣战士！其中有座间翔的战友托多，如果在F里曾经说得过一次的话，那么在这一话可以再度让座间翔去说得他。本话中另一个说得便是在提坦斯军出现后的第2个回合登场的希罗，其说得成功的条件是卡多鲁、狄奥、特洛瓦三人皆已加入，然后让狄奥、特洛瓦两人依次说得，希罗便会加入。
这一话敌人的初期配置皆圣战士一系，其特点是装甲薄弱，但命中率和回避率极高！同样是圣战士的座间翔则会因机体的缘故而显得较差，故不能再象以往那样把他派到最前线去。至于毕休特的母舰HP跌至50%以下就会撤退，因此要把他放在最后。当毕休特军撤退或全灭时，莱拉的部队就会登场，需注意其中的捷利特能两回行动。
战斗结束后，在提坦斯那面又有事件发生。加米托夫已经得知隆德贝路舰队正往尤哈尼斯巴克来，西洛克就在一旁出主意：把加米托夫的住处散播出去，引隆德贝路舰队上钩。
共通路线：第48话 动乱、尤哈尼斯巴克
西洛克散布的假消息率先被阿兰得知，但他认为暗杀加米托夫这种不光彩的事还是由他们地下组织来做比较妥当，故并未告诉隆德贝路舰队。所以，众人按原定计划进行：先派遣小部队守卫议事堂，等待大部队的到来。守卫议事堂的四位人选建议派有两回行动的高达系角色或拥有地图炮的安藤正树及琉妮，尽快将敌人初期配置的部队歼灭，然后与本队汇合。
在第2回合敌援军出现在地图中央偏下的地带，第3回合西洛克驾驶着基·欧出现在地图中央，第5回合地之魔装机神萨姆基多于地图西北角登场。敌初期配置的部队实力并不是很强，如果派遣阿姆罗、柯瓦特罗、加美尤、西布克这四人守护议事堂的话，应该能轻松地取胜。至于敌第一次增援，要小心两回行动的捷利特。最为可怕的是堪称《机动战士Z高达》中最强的机体基·欧、最强的 NEWTYPE西洛克，因为太过于强大，所以其HP降至90%以下就会撤退，否则我军要耗费大量的精神力才能击败他。第5回合前来援助的米奥，因为其等级太低，且距离又远，故在这一话里根本起不了什么作用。
隆德贝路舰队成功地粉碎了加米托夫的阴谋，然而联邦的议员们竟都不相信布拉度他们所说的话，众人唯有扫兴离开。而艾蕾则预见到一红发的女子，具有邪恶、强大的奥拉力量。与此同时，前去行刺加米托夫的阿兰被捕，或许因为他是伊高鲁长官之子，西洛克表示不杀他并另有用处。
共通路线：第49话 巨大化的杰莉尔
众人离开尤哈尼斯巴克，安藤正树问及米奥为何来到地上，原来米奥他们得知白河愁已经来到地上，故紧跟着过来，但在途中米奥却和杨炎龙他们走散了，没料到居然先碰到正树。此时甲儿亦说曾见过白河愁，这不禁令正树火冒三丈：“这么重要的事为什么不告诉我？”就在此时，又有圣战士来袭，其中就有赤发女子杰莉尔！
因为敌军中还有联邦正规军在，如果对其出手的话就更加证明隆德贝路舰队是反叛者，故不能对黄色的联邦军机体做任何攻击，否则GAME OVER。本话的胜利条件是打倒杰莉尔或红色机体的敌人全灭，相信各位必定是选择后者的吧！至于黄色联邦军的机体则不用理睬，反正他们的能力很低，不能构成什么威胁。唯一要留意的就是杰莉尔了，她的气力值上升得很快，当到达130时必须让她“脱力”，否则她的攻击提高不少且不说，光一个“分身”就要让玩者RESET好几次。第一次打倒杰莉尔的雷普拉坎，她就会发生巨大化（恶意的奥拉力量过于膨胀，导致驾驶员失控，奥拉结界增幅令其机体看上去变得巨大化）。巨大化后的雷普拉坎HP35000、装甲3200，必须在她行动前将其干掉，否则就用“挑发”让母舰或EVA等装甲厚实的机体承受其攻击。
看到杰莉尔如此下场，座间翔等人不禁有些后怕，只要一个不慎就会导致奥拉力量的暴走，看来圣战士也不是那么好当的。为了证明隆德贝路舰队的清白以及加米托夫的野心，布拉度他们决定去找原提坦斯的高官特列斯准将。与此同时，巴斯克亦向加米托夫请令，前去铲除特列斯。
共通路线：第50话 救出特列斯
为了洗脱叛贼的罪名，隆德贝路舰队唯一可做的便是要揭穿提坦斯的阴谋。但是口说无凭，众人便将希望寄托在特列斯准将身上，只有他才能有资格指证提坦斯，而他现在正居住在欧洲的布鲁塞尔。如果队伍中有希罗时，此次任务便由艾蕾（高拉安）、W高达系的四人（希罗、卡多鲁、狄奥、特洛瓦）、加美尤（Z高达）、花园丽（美塔斯）、座间翔（翼霸）出击；反之则由达巴（L-GAIM mkⅡ）、主角来代替W高达四人。
此战的首要任务就是尽全力保护特列斯，即不得让敌机侵入特列斯的府邸。需注意敌人中有两架移动力颇高的拜亚兰专门赶往特列斯处，这就需要依靠翼霸高速的移动力和强力的攻击了。至于其他敌人，由于实力并非很强，所以应该不会有很大问题。另一个要注意的便是合理控制回合数，第8回合结束时若母舰亚历山大还未被击坠，精神力高达 mkⅡ登场的情况下，加美尤的恋人棗强化人类凤·姆拉萨美就会被带走，影响到今后剧情的发展。
共通路线：第51话 特列斯、站起来
成功地救出了特列斯后，布拉度他们希望前者能够发表演说、揭穿提坦斯的阴谋。但是，特列斯却依然在犹豫。另一方面，加米托夫得知特列斯被救后，亦开始担心起来，西洛克则提出不如反过来利用议会来打击隆德贝路舰队。于是，双方都往联邦议会所在地约翰内斯堡进发。
虽然战事一触即发，但捷度那帮《ZZ高达》中的小孩依然抵挡不了金钱的诱惑，比查和蒙多在巡逻时发现一架完好的旧扎古，捷度立刻赶去想要回收此机体，怎料敌人便在此时、此地出现！刚开战时，我方只有捷度的旧扎古和艾露的杰钢，且首要任务是不得让敌人侵入卫星转播的中继基地。而我方大部队援军则在第2回合出现，其中捷度的妹妹丽娜擅自驾驶ZZ高达出击，要令其安全地交于捷度手中，就需要伙伴们好好地照料她。第4回合，敌援军会于地图东北方出现，且均为圣战士，其中还有托多，应让座间翔上前第三次说得他。
战斗结束后，特列斯向整个地球圈发表演说，揭露了提坦斯的阴谋、洗清了隆德贝路舰队的污名。
共通路线：第52话 多蒙的危机！！超级模式发动？！
补给之后的隆德贝路舰队继续往南美进发，下一目的地是加拉加斯。听到这一地名后，多蒙立刻有很大反应，原来他跟随师父东方不败修炼的地方就是加拉加斯附近的基亚纳高原。于是，多蒙和铃就暂时告别主队至基亚纳高原。熟未料，在此竟然又遇到了东方不败！脾气暴躁的多蒙在愤怒之时无意中启动了闪光高达的超级模式，增加了一招“SHINNING FINGER SWORD”。东方不败的尊者高达被削去一半或以下的HP时就会撤退，取代他参战的四天王中另外两人棗米基罗的高达天剑绝刀、查普曼的高达狮王争霸，HP各为16000、20000 。只要打倒他们两人中任何一人，战斗即告结束。另外，当天剑绝刀和狮王争霸登场后，铃和舒巴鲁兹亦会前来增援。舒巴鲁兹还让多蒙平静下来，并指出单靠愤怒的力量所发动的超级模式并非真正的超级模式，必须要有明镜止水的心才能发动真正的超级模式。在双方援军出现的第2回合，安蕾比会于地图中央出现，前来帮忙。
共通路线：第53话 基亚纳高原的修行
因为多蒙不肯和安蕾比决斗，所以她一怒之下离开了。此时多蒙亦无暇顾及安蕾比，而是要在舒巴鲁兹的指点下，尽快达到明镜止水的境界，否则是无法击倒东方不败的。不过，多蒙修行的进展似乎不大，最后舒巴鲁兹让多蒙通过体会“死”的感觉来领悟到真正的平静之心，使他成功地完成了明镜止水的修炼。就在这时东方不败和多蒙的哥哥京二出现，在东方不败的挑拨下，多蒙又暴躁起来，所幸一旁的舒巴鲁兹及时援手，不仅救了多蒙还令他发动了真正的超级模式。而遭到闪光高达重击的尊者高达便会和京二的恶魔高达退到地图的东面，并召唤出大量机械兽。
进入真正的战斗时，多蒙又恢复正常状态，因此先不急着往前冲而是逐个收拾附近的敌人来提高气力值，气力值达到130时就能发动超级模式。至于舒巴鲁兹和铃的作用不大，且舒巴鲁兹的HP所剩无及，还是让他在后面观战比较好，铃则需要好好培养，因为日后她会派上大用场。第4回合时，甲儿、安藤正树等人赶到，因为地处北方，可以和多蒙两面夹击收拾东方不败及京二。不过需要注意东方不败的气力值，千万不能让他用出“石破天惊拳”！
过版之后，因为闪光高达使用过度，终于支持不住而倒下，所幸乌鲁贝少校及时送来了神高达，令多蒙终于获得了新的机体。
共通路线：第54话A 波士顿日落西沉
在《F》的“浮上”一话中以座间翔说得托多；
在本集《完结篇》的“恶意的奥拉”中以玛菲和座间翔说得托多；
在“特列斯、站起来”中以座间翔说得托多。
达成以上三点便可进入此话。
受到特列斯演说的影响，提坦斯内部开始产生了动摇。可是在提坦斯的基地查布罗，对加米托夫忠心耿耿的份子正打算和隆德贝路舰队决一死战。此外，失去了提坦斯这一靠山后的多雷克军则活跃于北美，现在他们又打算攻击波士顿，隆德贝路舰队闻讯后火速赶往此处，以阻止多雷克。
为了自己的故乡，托多肯求多雷克停止攻击，当他的请求遭到拒绝后，托多便决定自己一人对抗多雷克军。隆德贝路舰队虽然及时赶到，不过却离托多太远而一时半刻无法赶至，只能靠托多自己了。其他一些杂兵足够托多能应付，但黑骑士和多雷克则比较强劲，可用挑发将他们从托多身边引开。第4回合时，敌增援会在地图中央地带出现。另外，别忘记给神高达装备米诺夫斯基推进器，让它能尽情地发挥作用。
战斗结束后如果托多依然生存，他就会带着其机体拉灵加入。
共通路线：第54话B 超越托多
先前没有说得托多的话就进入此版。
虽然特列斯的演说非常有效，但布拉度依然没有十足的把握发动总攻。而时田收到最新的情报，提坦斯一些部队已经开始投降，不过在加米托夫身边依然有一些非常忠心的精英部队和亲信，所以最后布拉度决定暂时不作主攻。另外一项重要的情报则是提坦斯和多雷克之间产生不和，本来这是要小心研究一下的问题，但是华盛顿方面传来发现多雷克军的消息，加上查布罗方面没有任何消息，所以布拉度决定先赶往华盛顿。
本来托多是不用出战的，但他竭力向多雷克要求，最后获准出击。在这话中战斗基本分为三部分，先是左方、接着是上方、再是正上方的主力军。第三回合敌援军会在中央出现，因此最好等他们出现后再攻上前去。另外则要注意托多，和杰丽尔一样当他第一次被击倒后就会巨大化，HP34000、装甲2900。
真实系：第55话 新力量
超级系：第55话 完成！超斗士
狄拉斯·拉希研究所通知主角回去取东西。满头雾水的主角来到格纳库一看，见到一部非常奇怪的机体，接着他老爸在录音带中说明这是送给他的生日礼物（真是大手笔）。真实系的机体为拥有黑洞炮的HUCKBEIN，超级系的机体为拥有计都罗喉暗剑杀的轰格雷。
另一方面，加美尤和花园丽在街市中漫步时，遇上了自称是加美尤妹妹的罗萨米娅，她还拿出一张相片来，上面的男子还真有点象加美尤（但怎么看罗萨米娅都要比加美尤年长）。这时，新亚加玛发出召集信号，加美尤他们急忙与罗萨米娅告别、赶回母舰。
在这场战斗中，除了毕休特军外，还有莱拉率领的提坦斯军，这次他们竟然联手阻截隆德贝路舰队的行动。不过，人总会有私心的，捷利特在心中其实另有一番打算，他期望毕休特军能先削弱隆德贝路舰队的力量，然后再坐收渔人之利。当然，这种想法反而使隆德贝路舰队成为最终的得益者。只要实行逐个击破的战略，先将右下方的三部比亚雷斯和拉灵消灭，其余机体则全力往左方攻击毕休特。当毕休特军被消灭后，便轮到提坦斯了，主角亦会在第4回合驾驶着新机体前来增援，因为还没有改装过，所以不要对其寄太大希望。
莱拉和卡库利冈的死，使捷利特下定决心和西洛克联手，策划日后的复仇行动。而在查布罗的加米托夫，正派出了特别部队前往香港执行一项特别的任务，他自己也察觉到在提坦斯中，有不少人已经受到特列斯演说的影响而使军心不稳。在隆德贝路舰队，破岚万丈见到主角的新机体方恍然大悟，原来先前主角的父亲向破岚财团请求大量资金援助搞科研开发，竟然是造了这部新机体作为生日礼物送给自己的儿子！
共通路线：第56话 TIME LIMITED（前）
隆德贝路舰队终于要和提坦斯决一雌雄了，因为在查布罗的提坦斯已经开始行动，布拉度他们自然不能再坐视。加米托夫虽然预计到隆德贝路舰队会前来攻击，但他现在还未部署好，唯有使用拖延战术来对付。此时西洛克竟然主动要求出击，当然他还是使用极其强劲的基·欧。除此之外，加米托夫更命令伊高鲁准将担任指挥官……正当提坦斯军在布防之时，隆德贝路舰队已经来到查布罗，一场恶战就此展开。
从加米托夫的对话中可以听出时间限制是25小时，其实这是“TIME LIMITED”前、后两篇相加的时间。即是说，如果本话的战斗在6回合内结束，那么下一话的时间限制就是19个回合；反之，本话的战斗超过6个回合，后篇便会在第15回合强制结束。另外，本话中有五次敌军的增援部队出现，第一次是在第1回合敌人行动时，于中央偏南处；第二次在第2回合，于西北角；第三次在第3回合，于提坦斯基地出现，其中有西洛克的基·欧；第四次在第4回合，于东北角；第五次在第5回合，于基地处。敌初期配置中有驾驶着精神力高达mkⅡ的罗萨米娅，此时说得无效，必须进入宇宙篇方能说得她。
共通路线：第57话 TIME LIMITED（后）
伊高鲁本来是非常信任加米托夫的，但在这次事件中加米托夫终于露出了他的狐狸尾巴。不仅如此，加米托夫更在基地中安置核弹，意图让伊高鲁以及残存的士兵与隆德贝路舰队同归于尽。得知此事后，伊高鲁对加米托夫完全失去了信心，但因为他军人的本性，故不愿向布拉度他们投降，也不想让自己的部下无辜牺牲，便打算独自一人去拆除自爆装置。而隆德贝路舰队和被释放的阿兰也冒险冲入基地，但是却要先面临基地内的自动防御系统。
这一话中的敌人不多，且亦不是很强，作战的目的是要在规定的回合数内抵达地图最上方的自爆装置处。阿兰会在第2回合出现于东方，因为身处于敌阵中，所以要让他尽快脱离此地。
任务结束后，惟独不见事件的主谋加米托夫的踪影，阿兰便向其父亲伊高鲁准将质问，一开始后者还坚持军规不肯透露，最后终于被儿子说服，道出加米托夫往香港去了。（在本话之前，座间翔的LV达到49或以上，本话结束后可以选择是否要将翼霸转换成夜间迷彩色，这对机体的数值完全没有影响）
共通路线：第58话 野心的尽头
不知这是否恶党的通病，那就是相互之间不信任，现在的提坦斯和多雷克军便是如此，且形势更加混乱。隆德贝路舰队根据伊高鲁准将所言，正准备往香港去时，突然接到情报说加米托夫此次行动的真正目的是“宇宙”。
本场战役中有4艘母舰，两队增援。一队增援是毕休特率领的圣战士系，于第6回合敌方行动时登场；另一队增援乃捷利特，当提坦斯军的总数降至一半时他就会出现。另外，本话中还有两个将影响今后剧情的要素：第一、在第50话“救出特列斯”中凤被带走的话，她将在此话中作为敌人出现，如果让她攻击加美尤的话有对话发生；第二、在捷利特登场前，巴斯克是否被击坠亦会有不同的影响。至于捷利特和玛娅任何一人被击坠，另一人就会撤退；还有毕休特的HP降至75%以下时也会撤退。就在双方打得正激烈之时，西洛克竟然暗杀了加米托夫。
共通路线：第59话 变成异质之物的挽歌
地上的提坦斯几乎被完全瓦解后，香港的首相黄润发要求隆德贝路舰队暂时留在基地中，说是会有意外的事件发生。而众人调查基地后发现了加米托夫的尸体，接着发现多雷克军正大举逼近。事实上，在多雷克军中亦分成三股势力在争权夺利，一派是多雷克、一派是毕休特、另一派乃肖德。肖德甚至策划要暗杀多雷克，他还特意让副官谬姬待在多雷克身边。
因为这一战的敌人皆属圣战士系，故要挑选那些回避、命中率高的角色出击，且不要忘记给那些只能在地上爬的机体装备飞行装甲，否则只有挨打的份。如果队伍中没有卡多鲁的话，在本话开始时会出现多蒙与真嗣对话的剧情，真嗣便会强制出击。第2回合，阿姆罗、座间翔、达巴、柯瓦特罗、安藤正树几人中可选三人出击。进入第7回合，多雷克、肖德、谬姬三人皆生存的前提下，便会发生谬姬暗杀多雷克的剧情。如果此时黑骑士没有被击坠，暗杀失败；反之，黑骑士已被击坠的场合，暗杀成功，母舰威尔·威普斯自爆、谬姬与多雷克同归于尽。托多仲间的场合，此战派他出击的话，战斗结束后便可得到托多所用的登霸。这一战中，敌援军会分别在第3、4、5回合，在东北和西南、中央、中央偏南四个地方出现。
共通路线：第60话 天空与大地之兽
瓦解了提坦斯和多雷克军后，隆德贝路舰队就要兵分二路：回到宇宙讨伐监察者、波赞达鲁军、DC；留在地球上收拾残局。在进入这一话之前，必须整理好所有的机体，原先由谁驾驶某机体的，就必须回归原来的搭配，没有驾驶员的机体会被废弃。前往宇宙篇的角色皆是高达系、重战机L-GAIM系、魔装机神系、V型电磁侠；留在地上篇的人物则是铁甲万能侠系、三一万能侠、断空我、战国魔神、泰坦3、EVA系、圣战士登霸系、机动武斗传G 高达系。主角可以自己选择前往宇宙抑或留在地上。
就在新亚加玛准备升空前往宇宙时，黑暗大将军以及天剑绝刀、狮王争霸“来访”，留在地上的那些伙伴们齐齐迎击。第2回合，黑骑士出现在正北方；第4回合，本都、克尔纳古、卡特纳鲁和他们的战舰亦在北方出现；第6回合，如果在我军基地上没有我方机体、且多库加三干部没有撤退的情况下，敌援军会出现在基地，发生卡多鲁以自爆来阻止敌人入侵的情节；第8回合，狂战士状态的安蕾比于基地的东面出现，此时无论是多蒙抑或铃皆无法说得她。
黑骑士被击倒后会巨大化，需格外留意。此外，多库加三干部中任一人的战舰HP降至70%以下，便会撤退。如果主角（超级系）在场的话，应该不愁如何将三干部一击必杀吧！（事实证明，超级系主角的最大技“计都罗喉暗剑杀”佐以“魂”的话，除了监察者总司令塞萨纳的巴兰、最终BOSS等极少数人外，皆抵挡不了主角的这一击！）
宇宙篇：第61话 逃亡的梭罗号
来到宇宙的新亚加玛号上，阿姆罗感到一股强大的意志力在接近，所幸这股力量似乎毫无敌意。因为现在尚不能确定这段时期宇宙中发生了何事，布拉度决定先到月面基地去补给。
镜头一转，在土星的轨道上，梭罗号正在逃亡的旅程中，因为机件发生故障，所以被逼进了太阳系的范围。当船上众人在商议为何会发生此事时，巴夫库兰军亦追了上来，并向梭罗号发动了攻击，科斯茂他们不得不驾驶传说巨神伊狄安迎战。
狙击梭罗号的指挥官是一名叫达拉姆的人，他是被巴夫库兰正规军放逐了的人。今次，他派出一架加布罗桑，使用脑波破坏炮向伊狄安攻击，令科斯茂他们头部产生剧痛。在这危急时刻，伊狄计突然放出奇怪的光芒，并自动使用出伊狄安剑，将加布罗桑消灭，然后再次恢复正常。在攻击结束后，伊狄安再也没有任何奇异的举动，所以达拉姆决定再次发动攻击……到了第2回合，梭罗号上的导航系统已经修理完成，所以只要让伊狄安返回母舰，即可结束这场战役。不过相信大多数人都不会白白放过那些并非很强的敌人的吧？需注意，达拉姆和基杰两人中任何一人被击坠，敌人就会撤退。
战斗结束后，梭罗号以瞬间转移航法移动到月球附近；达拉姆他们为了夺取伊狄安亦紧追着梭罗号往月球进发。至于隆德贝路舰队方面，W高达的四位驾驶员全部脱离本队、再度开始他们的单独行动，柯瓦特罗则获得了新机体“百式改”。
宇宙篇：第62话 背叛的月面都市
来到月球附近的梭罗号一直没能和地球方面取得联络，接着他们发觉到四周散布着扰乱电波的米诺夫斯基粒子，所以地球方面根本就接受不到他们的讯息。最后他们决定到月面基地并与其联络，然而当他们到达月面时，发现月面的情况竟然和他们所认识的完全不同，最终众人发现一个重大的事实，原来他们回到了200年前的地球……
正在方布朗市接受补给的隆德贝路舰队，收到了梭罗号发出的求救讯号，便派出部队前去救援。这场战斗的主要目的是保护梭罗号，故应先将可以两回行动的机体移到梭罗号附近，而且尽量将上方的敌军消灭。基杰被击坠后，敌人就会撤退，达拉姆认为基杰多次失败、已经没有利用价值便舍他而去。
成功地救出了梭罗号后，布拉度等人从贝斯口中得知他们原来是移民宇宙的地球人，因为依次在梭罗星发现了梭罗号和伊狄安之后，就一直被巴夫库兰星人追杀，可是布拉度对于安多罗美达殖民星的事，却完全不明究竟。然后贝斯查看电脑资料，确认现在正处于200年前的时空。另一方面，基杰竟然救了差点被漂浮钢材击中的谢莉儿，于是他便将计就计，肯求谢莉儿带他回去，因为他想亲眼看看什么是伊狄安和伊狄之力。
宇宙篇：第63话 无限力伊狄传说
本来布拉度是要向上级报告梭罗号之事的，不过这个“天方夜谭”的故事实在令人难以信服。虽然事实是如此的不可思议，但现在梭罗号的确是受到外星人的攻击，隆德贝路舰队又岂可袖手旁观，所以便决定加以援助。
在处理完梭罗号的事情后，隆德贝路舰队接到弓教授的通讯，现在光子力研究所正要为铁甲万能侠进行改造，甲儿便要决定是制造魔神皇帝抑或改良铁甲万能侠。为了以后的作战着想，当然是要选择制造魔神皇帝。另一方面，加美尤和凤一起在街上闲逛时，遇上了强化人格兹，凤因此而觉醒到自己也是一个强化人，并更希望能够和加美尤一同作战。
为了要了解究竟自己是怎样来到这个时空，贝斯等人正在讨论有关伊狄之力一事，谢莉儿认为伊狄之力是无限的，而且是一种精神和能量的混合体，但要如何才会发生这种时光倒流的情况，她则完全没有头绪。为了查明这件事，贝斯决定请求隆德贝路舰队帮忙。这时候雷达上突然显示敌人出现，于是梭罗号、伊狄安以及隆德贝路舰队再次出击了。
在这战中要对付的敌人是巴夫库兰正规军，其首领哈露露的战舰多罗瓦·赞的HP不足三分之一时，便会撤退，接下来由提坦斯接替这场战斗。此时凤会驾驶着加布斯雷前来增援。在这场战斗中，由于敌人太过于集中，所以用地图兵器就可以轻松地收拾他们。而当击倒格兹后再让Z高达攻击精神力高达mkⅡ时，加美尤会向罗萨米娅呼唤，希望她能够停止战斗，罗萨米娅亦开始回复记忆。再次攻击时，加美尤就能说服罗萨米娅。但是，如果凤及罗萨米娅被击倒的话，她们就会真正地死去，再也不会出现，且加美尤也会丧失战意，暂时不能出击。
战斗结束后，布拉度和贝斯谈到有关梭罗号所发生的事，布拉度最终同意让他们使用电脑研究返回未来的方法。另一方面，谢莉儿将基杰带到众人面前，虽然卡茜建议将他处死，但基杰始终希望能一睹伊狄之力。
宇宙篇：第64话 由灯火变成巨炎
为了得到最有效的分析，一定要借助NERV中的思考型电脑MAGI分析才能，但是要使用该电脑便要得到碇司令的许可。另一方面，众人正讨论如何对待基杰的问题，虽然卡茜坚持要将他处决，但到了最后大家还是决定给基杰一个机会，让他成为伊狄安的驾驶员，正好可以分担一下科斯茂的负荷，话虽如此，众人仍会不时监视他的行动。
正当比查和艾露进行机动战士进行训练时，波赞达鲁的基瓦桑却突然率领大军出现。这时的情况对我军非常不利，因为实力相差太大了，所以众人只好逃走。第3回合伊狄安出现解围，不过马克贝亦会率领DC军出现，幸而他们暂时不会发动任何攻击，才不致被敌人夹攻。但是妮尔的奥津就会对我军穷追不舍，第6回合我方援军方登场。
这场战斗其实非常简单，因为两方面的敌人不会在同一时间向隆德贝路舰队发动攻击，所以可以采取逐一击破的战术。首先是一直追击伊狄安的重战机部队，当这一方的敌人被消灭得七七八八时，DC才开始发动攻击。
战斗结束后，布拉度得知其实比查等人不是要作什么训练而是想变卖机体，不禁大怒命令他们进入反省房中自我检讨。另一方面，巴夫库兰军的哈露露因为未能和母星取得联系，于是达拉姆就将她介绍给西洛克。西洛克抱着多一个朋友比多一个敌人好的想法，并能使隆德贝路舰队更加孤立，便愿意提供补给和食物给巴夫库兰军。
宇宙篇：第65话 出击、GUNBUSTER
本话开始前的故事和OVA非常相似，高谷典子正接受训练，一直冷眼旁观的和美终于忍不住了，她向教练提出由她一人来驾驶GUNBUSTER。但是，GUNBUSTER如果不是由两个人来驾驶的话，是不能发挥出真正实力的，所以教练断然拒绝了和美的要求。而由于空间有不寻常的反应，田代舰长便发出求救讯号……
这一战的初期真是令人非常烦恼，因为只有富士皇后号独自对抗巴夫库兰军的汉尼巴尔。所幸富士皇后号的装甲和HP不俗，受到一定损伤后还是能够将敌人击退。随之而来的是更多的敌人，眼看富士皇后号将被击沉，典子本想独自驾驶GUNBUSTER出击，不过被和美说服最终两人一同驾驶GUNBUSTER出击。（这和原作的剧情不符，但为何要播同样的片段呢？）
为了替富士皇后号解围，GUNBUSTER一定要使用强大的地图兵器尽快将敌人一扫而光，当然免不了要使用热血、必中等精神力量。当击倒汉尼巴尔后，马修曼的DC军便会出现，隆德贝路舰队亦同时赶到。（如果到了第8回合汉尼巴尔依然未被击坠时，DC军亦会出现并和巴夫库兰军互相残杀，至于隆德贝路舰队会在GUNBUSTER没有能源后才出现。）
战斗结束后，富士皇后号因为受创颇重，所以暂时不能加入，还得回基地调校。另一方面，在地球上甲儿他们已经消灭了恶魔高达，正准备上宇宙和众人回合。
地上篇：第61话 被解除的封印
由于之前曾收到早乙女研究所发生了事故，所以在战斗完结之后，流龙马等人便一定要回研究所看个究竟，而且最近新三一万能侠的能力好象有点问题，所以他们也可以顺道为新三一万能侠检查一下。
来到早乙女研究所后，虽然早乙女博士说这里一切安好，但神隼人似乎已经知道了事情的真相，希望博士准许他们使用新的机体，那新的机体是什么呢？原来，先前所说的事故便是三一射线泄漏事故，泄漏出来的大量三一射线使旧的三一万能侠发生异变，旧的三一万能侠已经不复存在，由于不清楚异变出来的新机体是否安全，所以早乙女博士一直没有将此事公开，自然也不肯让流龙马他们使用这个“突变”机体。
正当流龙马等人和早乙女博士商谈之时，敌人再次出现，但是新三一万能侠仍在检查中，所以不能出动。由于这战的敌人是由地狱博士率领的DC军，所以大多数敌人是地面部队，且战力有限，唯一的优点就是HP较高而已。眼见同伴们在和敌人激战而自己又不能出击，流龙马等人感到非常气结，在多次的哀求下，早乙女博士终于答应让他们使用新机体出战，并为其取名“真·三一万能侠”，不过现在新机体还不稳定不能变形。
战斗结束后，真·三一万能侠终于能够变形了。此时，尊者高达突然出现，并扬言要和多蒙一对一地对决。多蒙应邀出击，师徒俩战得正欢时恶魔高达突然出现，令人费解的是东方不败竟然替多蒙挡住恶魔高达的攻击，还将其流派最终奥义“石破天惊拳”传授给多蒙！
地上篇：第62话 决战、第2新东京
三部EVA回到其总部NERV检修，律子会问美里要如何对三台EVA的装甲、特殊装甲COATING和神经脉冲如何强化，如果这三部机体已经被改造到最高LEVEL的话，就会浪费这次强化了，而且这三种强化是不可以同时安装在同一部机体上的。
当三部EVA在强化改造的时候，敌人再次向他们攻击，敌首领居然是已死了的黑暗大将军！莫非这个黑暗大将军也是个再造人？因为这场战斗中有空中敌人存在，所以为了省力的话，事先为三部EVA装备飞行装甲比较好。另外，因为没有母舰，所以EVA必须要利用那些供电大厦，要不时地切断电缆，然后移动到另一个大厦上再驳接上电缆。
当击败黑暗大将军后，第5使徒RAMIEL突然出现，一击便将黑暗大将军消灭。因为RAMIEL的AT FIELD非常强，一般的攻击根本伤不了他，所以真嗣等人只能暂时撤退另想办法。
在光子力研究所，甲儿便要决定是制造新的魔神皇帝抑或改造铁甲万能侠，相信绝大多数人都会选择魔神皇帝的吧！
为了击倒RAMIEL，NERV制造出阳电子炮改，它的威力足够可以将第5使徒的AT FIELD中和，不过这需要大量的能源，最后借助高拉安母舰上的奥拉力量来提供能源。基本上这场战斗是一个非常大的EVENT，因为这场战斗和《新世纪EVANGELION》TV版中的第6集一模一样，根据谁的同步率最高而决定由谁来担当炮手，基本上是由真嗣来担当的。首先需要3回合的时间来替阳电子炮充电，在此期间初号机和高拉安都不能行动，绫波丽则担当掩护的任务，需要不断使用“闪避”来抵挡第5使徒的狂攻。第4回合时，双方对射失败，然后第2次发射，此时绫波丽会拿着盾为初号机挡住攻击，直至第5使徒被消灭。
地上篇：第63话 编织命运的人们
甲儿新的机体魔神皇帝是集真·三一万能侠与铁甲万能侠的专长于一身，既有强大的防御力，又有自我修补能力，实在是非常好用的机体。另一方面，NERV的碇司令似乎在进行着某些不可告人的事情，不过现在要应付的是第14使徒ZERUEL，无暇顾及这个阴险的大叔。
在本话中，首先要面对的敌人是从两边夹击的，右方是第14使徒，左面则是监察者。其实ZERUEL并不难对付，只要装备飞行装甲就可以屈死他了。不过若是要取得S2机关的话，就要让初号机被第14使徒打至暴走，然后就会自动打倒ZERUEL并将其连同S2机关一同吃进肚中，以后初号机就再也不用拖着电线行走了。第2回合甲儿驾驶着魔神皇帝前来增援，第4回合时我军其他成员赶至，此时再去对付监察者就比较容易了。不过要注意的是监察者的真正目标是第14使徒，如果他一旦被杀，监察者就会撤退。
地上篇（隐藏路线）：第63话 我就是我生存的理由
进入此隐藏路线（BADENDING）的条件：
在“阿库西斯之攻防”中不要说得卡多鲁；
在“异质之物的挽歌”中一定要派真嗣出战；
在“被解除的封印”之前，初号机要暴走五次或以上（最初出场时的暴走不计算在内）；
在“决战、第2新东京”中，要让真嗣成为炮手，绫波丽自爆的剧情就会发生。
达成以上四个条件，自动进入隐藏路线。
绫波丽发生自爆后，竟然没有死，纵然如此真嗣也感到很内疚。另一方面，在NERV之中奇怪的事件一再发生，碇司令不知又在做什么神秘的事，同时双重间谍加持也在调查一些不可告人的秘密。此时第14使徒向NERV进攻，似乎现在要先对付敌人，其他事情容后处理。
在进行战斗前，不要忘记替3部EVA装备飞行装甲，因为第14使徒ZERUEL只能做地面攻击。另外，进入此话后零号机上就会多出一件武器那就是“朗基奴斯枪”，但是该武器的使用价值并不高，首先要气力140方能使用，虽然有5000的破坏力、射程达到10格，但要气力值储到140，实在是太过浪费了！（就好象多蒙的石破天惊拳一样，居然要气力150方能使用，且多蒙又没有魂，比起气力120就能使用石破天惊拳的东方不败以及拥有魂的主角所使用的计都罗喉暗剑杀来说，也是很勉强的）这一关的形势和“编织命运的人们”那一话相同，第14使徒消灭后监察者就会撤退。
地上篇（隐藏路线）：第64话 未完的使者
一直以来的战斗令隆德贝路舰队的成员们感到非常疲倦，而且在战斗中的牺牲也太大了。接着众人又得知新EVA三号机的驾驶员将要到来，大家纷纷猜测这位驾驶员究竟是怎样一个人……
原来那个新驾驶的名字叫“渚薰”，和绫波丽一样是个完全没有身份的人，单是这点已令其他人对他起了一定的疑心。另一方面，加持竟然说所谓的“人类补完计划”，其实是有人要以人类的手将第一使徒“ADAM”复元……
要“完美”地完成这个BAD END，其实是要依一个非常苛刻的条件，便是要依次杀死敌人，且这场战斗中的敌人实在强得可以，居然都是使徒！他们分别是第3使徒SACHIEL、第4使徒SHAMSHEL、第5使徒RAMIEL、第14使徒ZERUEL，这些也是之前对付过的敌人，不过为何现在又会……无论如何，现在要先决定怎样对付他们，因为本话中是一定要将他们全部消灭的。而这战绝对是策略的战斗，因为在第3回合EVA三号机便会出现，渚薰立刻变成使徒，幸好他是没有对空攻击的，所以玩者大可利用飞行机体将他封住，然后顺便将有同样特性的第3使徒消灭。
至于其他使徒，其中的第4使徒和第5使徒基本上是比较难对付的，所以必定要优先处理。另一方面要注意第5使徒的位置，因为这家伙的攻击射程可以达到11格之远，一旦进入其射程范围内便在劫难逃。渚薰要留到最后再去对付，他便会要求真嗣杀了他，然后便是重现动画片有史以来最长的定格画面，各位便可去泡杯茶、吃块点心之类再回到电视机前或许会发现定格还未过去……BAD ENDING。
地上篇：第64话 被称为恶魔的高达
当众人正为恶魔高达的去向而感到烦恼之际，万丈突然通知众人有关恶魔高达的所在，原来是从碇司令处收到的情报。原来恶魔高达是在香港的大屿山，看来这又和黄润发有关了。
这一战非常激烈，敌军会分7次出现。敌军初期配置中狂战士化的诺贝尔高达的驾驶员安蕾比是可以说得的，但过程就比较麻烦。先是要让多蒙去说得并击败诺贝尔高达，然后安蕾比会转乘笑傲江湖，此时多蒙已不能再度说得她，必须按照原作的剧情让铃出马。先要让铃攻击安蕾比，但不能将她杀死，过几个回合铃就会发现笑傲江湖上的狂战士接收器，将之击毁后就可以击坠笑傲江湖，战斗结束后安蕾比就能仲间了。第3回合出现的敌援军乃多库加三干部，他们是为了恶魔高达而来，不会与隆德贝路舰队为敌。当恶魔高达被击倒后，东方不败就骑乘着爱马“风云再起”出现。让多蒙上前和他交战，坚持到两人之间的对话全部结束而东方不败仍未被击败时，便能说得东方不败，日后他会加入队伍中。
地上篇：第65话 瞬间通往宇宙
由于地上的敌人已经被消灭了七七八八，所以众人便准备前往宇宙和其他队员回合。不过，正当众人要向宇宙进发的时候，敌人的部队又出现了，如果基地被毁抑或战舰被摧毁的话作战便告失败。
这一战的战略是非常有趣的，因为敌人会从5个不同的方向进攻发射基地，所以我军亦要分成多个部分作出反击，因此要小心分配机体。当敌机少于3架时，黄润发便会驾驶着笑傲江湖出现，理论上自然是要多蒙去收拾他。战斗结束后，当众人准备升空之际，笑傲江湖竟然再次出现，多蒙驾驶着神高达离开母舰彻底击毁笑傲江湖，但因为母舰已经升空，眼看赶不上的多蒙正在焦急之时，风云再起突然出现并载着神高达冲出大气圈与其他队员回合。不过其他人看到神高达居然骑在一匹马上，都怀疑自己的眼花了要不就是劳累过度出现幻觉……
共通路线：第66话 精算过去、接下来……
地上和宇宙的两队人马终于汇合了，双方交换一下各自的情况后又要迎击敌人了。这一战的敌人是波赞达鲁军，意外的是其首领波赞达鲁竟然也在其中。不过本话的战斗时间是非常短的，原因是当敌人的数目低于15部便会撤退，而第4回合时加布雷的增援部队到来，不过如果这之前波赞达鲁军撤退的话，他也会跟着撤退的。
共通路线：第67话 悲伤的卡多鲁
因为铃留在了殖民卫星，所以多蒙就有些心烦意乱。另一方面，根据基利亚姆的情报，众人得知DC正在开始活动。隆德贝路舰队现在实在没有充足的力量，所以众人先要到卫星1号一行，以得到适当的补给。
本话的敌人乃监察者和波赞达鲁，而作为援军的波赞达鲁军于第3回合在下方卫星附近出现。另外，这一关有个很大的陷阱，那就是到了第5回合时卡多鲁驾驶着WING 0出现，他因为父亲被杀而发狂，一出场便用地图炮轰掉了下方的那个卫星！因为这个时候我军基本上就在这个区域内战斗，所以千万不要将机体放置在卫星上，否则会一并被击毁的。
战斗结束后，隆德贝路舰队终于得到了补给，高达系列中老牌的机械师阿斯特纳济也来到，不仅得到了量产型的新高达（这里要决定是给新高达装备NEW TYPE专用的浮游飞翔炮抑或普通人使用的垒球炮，建议装备浮游飞翔炮然后将此机体给加美尤驾驶），且可以10段改造了。最后，要玩者决定是去对抗DC、还是监察者-波赞达鲁联合军。
DC：第68话 错综复杂的思想
选择对付DC后，就要开展实战了。这关的任务有两个，前段的目的要将侵入卫星的敌人消灭。不过，这是非常容易完成的任务，如果玩者不想有太大损伤的话，就直接飞上卫星阻止敌人。不过，这样便会错过不少左方的“贵价机”。另一方面，放弃了这些敌人亦是为了保存实力，因为当入侵卫星的敌人被消灭后，这话真正的敌人就会出现，如果前段太落力的话，这时候就有可能后劲不足。当敌人增援部队出现后，作战目的就会变成“将敌人全灭”。第2次敌人的增援出现后，伊狄安自动出击且突然伊狄计达到满值，发动非常厉害的“伊狄安枪”，将所有敌人全灭！（注意我方成员千万不要走入伊狄安的射程内，被这最强的地图炮波击）
DC：第69话 理想与现实
对于近期的作战，卡多认为失利的原因不是自己的战力不足，而可能是有人故意将军方的消息泄露出去，而且他认定这人肯定是在自军中。另一方面，基利亚姆收到最新的消息，桑古王国现在正被大量DC军包围，情况非常危急，所以隆德贝路舰队一定要尽快前去救援。但是因为距离较远，故只能先派出一些高机动性的机体出动，以便尽快抵达桑古王国。（在CYBASTER、Z高达、GP-03、美塔斯、翼霸、ZZ高达、灵格斯、L-GAIM mkⅡ、主角机体中选择5部。）
这一战中因为有NPC存在，所以要随时留意他们。为了快些完成战斗，不如冒一下险棗将安藤正树的CYBASTER放到敌阵中，以热血佐以地图炮收拾敌人。另外，敌军中有些机体是会使用浮游飞翔炮的，一定要特别小心。第3回合，隆德贝路舰队其他成员赶到；第4回合，NPC的米利亚特（即塞克斯）驾驶着高达艾比安前来增援。
DC：第70话 发光、断剑
DC军的行动一直遭到隆德贝路舰队的阻碍，不过他们是不会轻易放弃所有的计划，其野心依然是要夺得整个宇宙，所以提倡完全和平主义的桑古成为他们最大的障碍，DC军一定要将桑古王国消灭。被逼急了的DC军竟然出动当初一年战争时自护军的“太阳炮”！为了达成目的，DC军决定利用卫星3号来进行计划，用直径有6.5km的巨大卫星来制造太阳炮的话，其威力实在无法估计！（如果有DOUBLE X高达的话，想必就可以与之对抗了吧？）
DC军非常重视这次行动，其总帅基雷竟然亲自到场监督。而呈现在隆德贝路舰队面前居然有3个卫星，但不知哪个才是DC军的目标，所以大家就要猜一猜了，正确的答案是C。只要选择正确的话，就不用攻打其他两个。当然，如果多打一个的话，得到的利益自然也更多，所以也不妨到其它两个殖民卫星一行，可能会有意外收获呢！敌人中除了基雷外，其他都是小菜一碟，不过因为时间限制是15回合，不能太得意以致超过了时间。
DC：第71话 血染的双手
在上一场战役中，隆德贝路舰队成功地阻止了DC的行动，令其受到一定的损害，对士气也有一定的影响。所以，布拉度觉得这是攻打所罗门的大好时机。而据柯瓦特罗所言，负责守护所罗门要塞的人正是萨比家二子多兹鲁，他是个非常有尊严的人，不会象其兄长那样耍诡计，而是坚持“堂堂正正”作战的人。由于所罗门的防守非常严密，故隆德贝路舰队使用加上AI系统的吹气机体，来引开敌人的注意力，使本队能够顺利地到达所罗门。
在战斗一开始，两个小队的“气球”于左上方位置出现，所以，这场战斗的决定因素便是“时间”，因为这些“气球”的战斗力非常有限（应该说是防御力才对，因为他们不会攻击），基本上是被敌人一炮一只地击坠，且敌人大都有两回行动，所以不出几个回合就会被全部歼灭，在此期间隆德贝路舰队一定要赶至所罗门要塞。
虽然说要注重时间，但有时候也不能太快，因为此话中，右边有一由马修曼率领的小队会向所罗门进发，大可等待他们抵达后才一举将其歼灭。另外，当敌机少于6架时，其增援会出现在所罗门要塞上；所有“气球”被击毁后，我方援军出现在要塞上方，那就是水之魔装机神GADES（狄蒂）以及火之魔装机神GROUNVOLL（黄炎龙）。因为这两人太靠近所罗门要塞，且一旦攻击要塞多兹鲁就会出现，狄蒂和黄炎龙的处境非常危险，要好好保护他们。至于多兹鲁，似乎知道这一战必死无疑，便要哈曼带走他的女儿美妮瓦，以留下一点血脉……
DC：第72话 虚构的偶像
战事一场一场地失利，对DC军来说的确是非常大的打击，不过，对一直忠心于自护的卡多来说，更加感到无奈，在其心中开始产生了一个疑问：“以这么大的牺牲换回来的胜利，有意义吗？”此时，DC中又出现一个大问题，那就是监察者的来访，且基雷似乎和他们有什么密切的关系。
这是一场埋身的肉搏战，因为亚巴奥虽然在很远的地方，不过其军力已经来到隆德贝路舰队之前，所以一开始便是场真正的战斗。由于一开始便要和敌人苦战，所以可能会令到达亚巴奥的时间稍微迟些，不过就算是到达了亚巴奥也不能以很快的时间完成战斗，因为在这里有两个非常难缠的家伙，那就是基雷和吉茜莉娅兄妹俩，他们所乘坐的母舰乃超级强袭空母多罗斯，其装甲、武器等都强得有些过分，要花好一段时间才能将其击倒。在第8回合时，我军的援兵富士皇后号和GUNBUSTER便会赶到，但是因为出现的时间较迟，可能已经没他们的份了。至于哈曼，当然又要柯瓦特罗去说得她了，且不能杀了她。监察者方面，洛夫和塞蒂任一人的HP降至一半时就会撤退。另外，从这一话开始，一些有密切关系的人物被击倒之后，其伙伴就会使用精神力量，一定要小心！
过关之后，捷度他们提出要到亚巴奥中去捡破烂，如果答应的话就能找到GP-02，反之，稍后捷度会决定是否偷偷地去亚巴奥，如果去的话能找到诺艾·基尔（卡多的机体），否则什么也没有。
DC：第73话 复仇之刃
捷度他们虽然安全归来，但亚巴奥爆炸的时候，令人非常担心，所以一向比较好说话的布拉度也给众人一记耳光。（ZZ高达中的那班小孩真是有够麻烦的，记得在原作中他们折腾得还要厉害，一会儿要偷Z高达、稍有不满就要把亚加玛卖给阿库西斯军、在Z高达上安装扎古的脑袋并称之为Z扎古、最后还把布拉度抛弃在拉比安玫瑰并偷走了新亚加玛自封为代理舰长。这次完结篇中他们所捣的乱只能算是小菜一碟了，高达系列中能与捷度他们相媲美的主角大概也只有X高达的卡洛特了吧？此君也时常作出拍卖X高达、抓女主角蒂法作人质恐吓自己的伙伴、用DOUBLE X高达的主炮威胁敌人而当目的达到后又不守诺言摧毁太阳炮之类的事，所幸本次机器人大战没有把X高达加进去，否则布拉度舰长就太可怜了！）
故事到了现在，相信已有很多事情已经真相大白了。但是，对于监察者、伊狄他们的事情依然未能解决，再加上先前收到有关月球的消息，所以现在隆德贝路舰队便要先到月球一行，但当他们一进入月球轨道时便受到了敌人的袭击。
这一战的敌人是波赞达鲁军，又将是一番苦战。不过一开场就有一段小插曲，原来敌人的先锋阿丝菲认为达巴是她的杀母仇人。只要让达巴移动到阿丝菲身边，然后就可以说得她。另一方面，敌人的攻势并不积极，其主队基本上不会主动攻击，反而是入侵月球的部队会向阻碍他们的人发动攻击，所以隆德贝路的首要目标就是歼灭入侵月球的部队。不过，基瓦桑被击坠后，波赞达鲁军就会撤退。接着出现的敌人便是伊狄安的死对头巴夫库兰军，实际上他们的机体并非很强，唯有HP稍长些，其他地方就一无是处了。
战斗结束后，玩者要选择是否让阿丝菲成为驾驶员，因为现在隆德贝路舰队中缺少一名机械员，而阿丝菲又是这方面的专长，不过无论怎样决定也不会影响到今后剧情的。
DC：第74话 翻倒的叛旗
在张五飞的引导下，众人来到月球基地与其主管莎莉见面。莎莉似乎收集到不少情报，当然，这些并非她一人的功劳，还有狄奥和五飞相帮。
本话的敌人依然是波赞达鲁军，所以达巴是强制出击的。所幸波赞达鲁军因内部问题而分裂成两派，且自相残杀。有一点需要注意的是此战中有NPC存在，那就是希罗、特洛瓦、蕾蒂以及四名士兵，要好好照顾他们。而波赞达鲁的HP被削至一半以下时，左方的敌人就会撤退。右方的十三人众首领基瓦桑的母舰中有达巴的妹妹奥丽碧，在击毁它之前一定要让达巴上前去说得并适当地攻击。
另一方面，发疯的卡多鲁也会过来掺一脚，只要坚持到第8个回合，卡多鲁、希罗、特洛瓦三人皆生存时，便能说得卡多鲁并于得到WING 0，且经过几话后能得到强化的WING 0。因为希罗和特洛瓦会主动去攻击卡多鲁，所以要用“挑发”将卡多鲁从希罗他们身边引开来。第7回合时，右上方出现DC军，不过实力并非很强。
DC：第75话 双重演奏
达巴将母舰击毁后，一直以为自己的妹妹也在这次事件中死了，所以非常伤心。所幸结果并非他想象中那么差，原来奥丽碧乘逃生舱出来，虽然受了伤，但没有生命危险。另一方面，在战斗之后隆德贝路舰队得知西洛克已经和监察者联手，所以监察者那方面的力量肯定会增强不少。露娜Ⅱ是布拉度他们的下一个目标，因为这好是一个非常重要的地点，所以不容有失。但是，露娜Ⅱ内部比较狭窄，所以大型机器人是不能进入，所以只能靠那些体积比较小的机体了，至于大型机器人则要在外防守兼带护送新亚加玛抵达露娜Ⅱ。
本话分为三场战役，第一场以大型机器人为主，出击地点在右方，行军的路线应该一直往左移，绝对不要向下移动，因为这样会危害新亚加玛的安全。事关在这场战斗中，玩者最大的目的不是将敌人赶尽杀绝，而是要新亚加玛顺利地进入露娜Ⅱ，所以绝对不能过分杀戮。至于下方的新亚加玛，则要在上方进行激战时尽量往前飞，幸而布拉度本身有加速，所以可在5回合内到达露娜Ⅱ。虽然途中可能会受到一点儿攻击，但无需理会只要向前冲即可。
第二场战役是在露娜Ⅱ内进行。最关键的敌方机体便是西洛克的基·欧和波赞达鲁的奥津，只要能好好地对付这两台机体便可以得到最后的胜利，不过要做到这一点并不容易，因为这两部机体可以说是众多敌人中最坚硬的，一般攻击起不了作用，且拥有大技的大型机器人又不在场，就需要充分利用热血和魂等精神力量的大攻击方可对两部机体作出致命的打击。不过，除了这两部机体外，其他一些波赞达鲁的机体也要注意，因为他们拥有MAP兵器，且是两回行动。
第三场战役比较费心思，因为敌人乃真正的波赞达鲁即阿曼达拉·卡曼达拉，要命的是我方皆命中、回避率低的大型机器人。所幸第3回合时有救兵赶到，那就是白河愁的古兰索和萨菲妮的维莎露改，有这两部机体作盾牌，隆德贝路舰队大可安心地等待主队归来后再发动总攻。战斗结束后，白河愁和萨菲妮两人很自然地成为仲间，还发表了“热爱地球”之类的表面文章。
DC：第76话 在恐怖与恐慌的狭逢间
现在，差不多所有的敌人都被消灭了，所以可以调查一下有关伊狄的事了。不过，隆德贝路舰队还有另一个重要任务，便是向火星进发，因为那里是敌人最后的根据地，一定要在他们集结完成之前进行攻击，才能将其一举歼灭。要在短时间内到达火星，就要利用到富士皇后号的缩退引擎。利用亚空间航法，隆德贝路舰队很快到达了火星附近，不过在这里有一些人在等待着隆德贝路舰队的来临呢！那就是监察者！
经过一场非常艰苦的三分战之后，似乎有意让大家轻松一下，这场战斗真是非常易处理。因为本话要应付的敌人很少，且其素质又差强人意，除了三个小队长洛夫、塞蒂、塞布之外。第7回合时有一不速之客来到，那就是《第三次超级机器人大战》中监察者的小队长之一美基波斯，他本来应该已死了，不知为何又会出现？无论他是生人还是死人，此行的目的是传达枢密院的命令，那就是要洛夫他们撤退。原来与地球为敌全是塞萨纳自己的意愿，枢密院的命令只是提供技术给地球人，并非期望发动战争。玩者可以决定是否放过这些人抑或一网打尽。
DC：第77话 激震的赤红大地
战斗结束后，正树问及有关白河愁帮助他们的真正目的，原来白河愁是要找监察者的司令塞萨纳报仇，因为他一直在被塞萨纳利用，所以白河愁要找他讨回这笔债。另外，众人还了解到监察者和使徒的关系，那么所谓的“人类补完计划”亦可能是和监察者有关，而拥有多重身份的加持就是为了调查这件事而留在EVA组织中，且他已经查得一些非常重要的证据。
这一战的格局和《第四次超级机器人大战》中的“火星之决战”非常相似，所以打法也差不多，目标只有一人那就是监察者总司令塞萨纳。其实，在外星人中也有值得同情的，比如洛夫和塞蒂本想在这场战斗之后就离开战场，过回一般人的生活，可惜在这场无比惨烈的战斗中，他们也不知自己能否保全性命。对隆德贝路舰队而言，这是场决定地球命运的一战，因为他们一直以为只要打倒监察者就可以获得真正的和平，不过……
说回这场战斗，虽然说要对付的只是塞萨纳一人，其实要对付的是在场所有“有头有面”的任务，特别是夏皮洛这个真正的地球叛徒。在战斗开始后，隆德贝路舰队应尽快往上行，不过要以不离开右边的深谷为限，要靠左行动。因为敌人的增援部队就是在右下和左上方出现，所以如果闪避不及的话就会出现危机。至于敌人的部队会非常有秩序地一小队一小队冲过来，所以保管我军有足够时间应变，这点绝对不成问题。
而在对付完了敌人的增援之后，就要快些回到原有的地方，因为敌人又会再次向隆德贝路舰队攻击，且他们全是两回行动的，所以如不预先向下移动的话，就会遭到连续攻击。敌人的主力部队在我军机体比较接近时方开始移动，必须注意塞萨纳的巴兰命中率奇高，且射程是10格！先前若说得东方不败，他便会前来增援。
DC：第78话 FINAL OPERATION
终于歼灭了监察者，似乎一切都结束了，但仔细一想，其实还有很多事情仍未解决：伊狄的事、EVA的事等等，无论如何现在还是先回地球再重详计议。当隆德贝路舰队回到地球圈时，梭罗号上的DEATH SENSOR突然有所显示，而且不是一般的东西，而是一个巨大的物体……原来这就是西洛克最后的手段棗让阿库西斯坠落地球！
本话最先出击的机体是梭罗号，因为没有多大的战斗力，只是做做样子罢了，所以尽可能不要移动梭罗号，以免被敌人有机可乘。特列斯的多鲁杰斯Ⅱ则无须担心，因为强得过分，敌人根本打不动它。到了第2回合，富士皇后号终于回来，特列斯他们就会撤退，之后的战斗就交于隆德贝路舰队负责。因为敌人机体的数目不是很多，但其中不乏基·欧、精神力高达mkⅡ、恶魔高达和巨型尊者高达这些强劲的机体，所以这场战斗也不是很容易的。
将敌人全部消灭之后，就可以实行停止阿库西斯的行动，其实只要将机体停留在阿库西斯上，且数目越多，阿库西斯停止的时间就越快。将阿库西斯完全停下来就算是完成任务。
结束之后，又有一队神秘部队突然出现，原来是巴夫库兰星人，且其中就有哈露露。不过经过其妹妹卡拉拉一番劝解之后，再加上她得知卡拉拉怀了地球人的孩子，态度有了180度大转变，竟然立刻弃暗投明。但是因为她是NPC，且又身处敌阵中，所以隆德贝路舰队再次出击。此时，恶魔高达和尊者高达再次出现，且力量比先前还要厉害。因此，下半场的这番战斗有两个目的：救出哈露露、阻止恶魔高达前往地球。其实对付恶魔高达用不着这么多人手，只需多蒙等少数人即可，而哈露露那边则要大队人马去收拾敌军。多蒙那边先将巨大尊者高达击倒，然后恶魔高达被击倒一次后会变成最终形态，当此HP被削至一半后，多蒙就可以唤醒铃，两人合力打出“石破LOVE LOVE天惊拳”，将恶魔高达摧毁！（如果先前走地上篇说得东方不败的话，则由这对师徒合力使出“最强石破天惊拳”）
在所有敌人被消灭后，西洛克再次出现，且驾驶着瓦路西奥这艘超级机体！为了打破瓦路西奥的结界，特列斯不惜牺牲自己的生命，这是西洛克的最后机会，亦是地球最大的危机！但是就算西洛克死了，众人依然未能阻止阿库西斯降落地球，在这最后关头，贝斯他们竭尽全力地祈祷，伊狄安的能量发挥到极限……耀眼的光芒过后，伊狄安众人和阿库西斯一起消失了！
一切都结束了，至于另一个幕后主使者碇根渡，则由加持解决了，他回到第二新东京市发动“自爆”！（大快人心！那个阴森、傲慢的碇大叔终于也有这一天！）之后，众人回到自己的地方，开始新的生活……
监察者和波赞达鲁：第68话 游彷的命运之光
现在隆德贝路舰队要对付的是监察者-波赞达鲁联合军，他们正要对地球展开总攻击，为了阻止他们的计划，布拉度唯有立刻与特列斯联络，希望隆德贝路舰队能够与联邦军一同采取行动。特列斯接到消息后，便派蕾蒂出任联邦军的前线指挥官，目的是协助隆德贝路舰队，他更将所有行动的决定交由布拉度处理。
但是世事难料，就在隆德贝路舰队赶往与蕾蒂的回合点时，居然遇上了提坦斯的残党，于是战斗再次展开。敌人的部队大致分为两部分，隆德贝路舰队可以利用之间的陨石作为掩护，以逸待劳等候敌人进入我军的攻击范围才作出攻击。不过敌阵中的捷利特和玛娅有两回行动，应先将他们消灭比较安全。当亚历山大号被击坠后，提坦斯便会撤退，接着是巴夫库兰军登场。第5回合时狄奥驾驶着新机体地狱死神出现，回归隆德贝路舰队。而伊狄安则在达拉姆出现后，突然暴走并发动了两次伊狄安枪。如果此时我方人员不幸站在其射程内的话，皆会光荣“牺牲”的。
为了查出为何伊狄安有这样的情况出现，谢莉儿决定要仔细调查一下。另一方面，西洛克竟然与波赞达鲁结成同盟……
监察者和波赞达鲁：第69话 砂上楼阁
基瓦桑虽为十三人众之首，但他觉得并未受到应有的尊重，就以与西洛克结盟一事为例，他觉得在波赞达鲁军中已没有太大的发展了。妮尔看穿这一点，便乘机挑拨基瓦桑自立门户……另一方面，从回到隆德贝路舰队的狄奥口中，众人得知提坦斯已和巴夫库兰军达成某种合作的消息。
当隆德贝路舰队到达预定与蕾蒂会合地点时，发现他们正受到波赞达鲁军的攻击，于是立刻派遣机体前去救援。不过希罗和特洛瓦的机体风神、雷神皆HP很高，无须担心，有时候还是要留一两个弱小的敌人在他们身边，免得这些NPC冲到敌阵中去。第3回合或初期敌人全灭后，马克贝率领的DC登场；第6回合或敌全灭后，卡多鲁驾驶着WING 0出现，希罗和特洛瓦见他已经失去了理智，便齐齐向他发动攻击。因为WING 0的HP不高，很有可能会被希罗、特洛瓦杀死，所以还是用挑发将他从那两人身边引开来。坚持到第8回合时，特洛瓦为了令卡多鲁清醒过来，竟然替希罗挡了对方的一击，消失在太空中。此时卡多鲁也清醒过来，和希罗一同离开战场，寻找特洛瓦去了。
监察者和波赞达鲁：第70话 称为爱的自我
大家还记得死之商人阿曼达拉·卡曼达拉吗？他现在又主动联络隆德贝路舰队，目的是提供一些情报。据他所言，基瓦桑的行动有些古怪，好象已经与其同伴失去默契似的（应该是离群才对）。而且他更将一名叫奥丽碧的少女囚禁在旗舰内，原来奥丽碧就是达巴失踪了的妹妹（义理上的妹妹，严格来说更接近恋人）。达巴听到这个消息后显得非常激动，私自驾驶着L-GAIM mkⅡ前往基瓦桑所在地，阿姆则悄悄地跟着他。
当达巴找到基瓦桑的部队时，发现监察者的塞布也在其中。第2回合，波赞达鲁的副官芙露·弗拉特赶到责问基瓦桑为何私自行动，不过接下来她依然是要攻击达巴的。让阿姆和达巴各攻击芙露一次（不能杀死她），便可说得她。第3回合，隆德贝路舰队就会赶到，而塞布也会招来外星人部队。为了达巴的安全考虑，还是让L-GAIM mkⅡ退后少许，与本队会合后再度发起攻击。第6回合，巴夫库兰军也来凑热闹，不过他们这一系的机体都不是很强，大可轻松应付过去。当伊狄安攻击哈露露时，科斯茂就会劝她不要再战斗下去，原来她和卡拉拉是姐妹俩。虽然结果还是难免一战，但这已似乎是两族之间和解的曙光。而基瓦桑的母舰则要达巴攻击两次，与奥丽碧对话后才能击坠母舰。
监察者和波赞达鲁：第71话 崩溃之序曲
在正式进攻露娜Ⅱ之前，隆德贝路舰队内部先进行一次作战会议。在会上美里提到除了波赞达鲁军外，提坦斯也参与了他们一方的布防行动，且殖民卫星联合与DC的动向，暂时仍未明朗。因为露娜Ⅱ的内部不能让大型机器人进入，所以伊狄安、泰坦3、断空我、战国魔神、真三一万能侠、GP-03、V型电磁侠、三部EVA（如果主角是超级系的话，亦会被计算在内）负责外围的警戒工作。当分配好各人的岗位后，隆德贝路舰队便展开突破敌人防线的作战。
敌人的配置很明显分为四部分，除了提坦斯、监察者以外，连波赞达鲁军也分为基瓦桑、波赞达鲁两派。战斗一开始，受到哈萨挑拨的阿丝菲出现并向达巴扬言要报杀母之仇，可以让达巴上前对她解释，令其加入隆德贝路舰队。因为敌人分得较开，所以我军行动起来也比较便利，可将其逐个击破。当波赞达鲁军的人数降至一半以下时，基瓦桑便以反抗波赞达鲁独裁为名发动叛乱。至于达巴，可先让他攻击一下基瓦桑的母舰，然后他就会为了救妹妹奥丽碧而潜入母舰中一回合，此时千万不要击沉该母舰。剩下提坦斯部队则不为所惧，而监察者大可用魂配上大技将其一击格杀。另外，如果三个回合内不对监察者作出任何攻击，他们就会撤退。
监察者和波赞达鲁：第72话 涂改了的地图
除了母舰及超级机器人外，其余的成员都进入露娜Ⅱ内部，希望能够直捣敌人心脏。这里的敌人也是分散配置的，很容易被我军各个击破。需要注意的是象西洛克这种BOSS级的敌人有“剑挡格”的特技，浮游飞翔炮之类的武器很容易被他们破掉，因此还是改换光线武器或地图炮较好。另外，如果熟悉《机动战士Z高达》的话，千万不要按照原作的剧情让加美尤杀死西洛克，因为这样做西洛克会在临死前发动最后的力量，将加美尤的心带走，如此一来加美尤就再也不能出击了。先前如果曾说得芙露的话，今次可以再度说得她，并让其说得波赞达鲁（影武者米安）。
正在露娜Ⅱ外面等待的布拉度，收到内部战斗已经结束的消息后，以为可以松口气时，不料真正的战斗现在才开始。一直帮助众人的阿曼达拉·卡曼达拉终于显出原形，他才是真正的波赞达鲁！第3回合时，希罗的WING 0和卡多鲁的沙漠高达改前来增援，当然前提条件是第69话“砂上楼阁”中必须说得卡多鲁。第5回合，在我军参加内部战斗的机体出现（只能选择6部机体，达巴强制出击）。第6回合，富士皇后号和GUNBUSTER出现，不过他们的到来实在太迟，且又距离较远，根本就没有发挥的机会。
对波赞达鲁军之战总算是结束了，为了答谢隆德贝路舰队的帮助，达巴决定和大家继续一起战斗。
监察者和波赞达鲁：第73话 时机来临
以往曾是敌人的白河愁，此番却丝毫没有敌意并提供了不少有用的资料给众人。原来DC再次复辟、波赞达鲁军入侵地球等事件都是监察者总司令塞萨纳一手策划的。至于白河愁的古兰索和富士皇后号、GUNBUSTER所使用的科技，也是从监察者那里得来的。而这一切的一切，都似乎是塞萨纳早有预谋的安排。
而多蒙在失去铃的消息后一直感到不安，众人只得安慰他说战争结束后一定有机会再见面的。当隆德贝路舰队到达龙迪尼安附近，收到那里发出的求救讯号，于是阿姆罗、西布克等先行一步去救援。
发动攻击的DC残党，虽然表面上没有什么特别之处，但大多数是可以两回移动的。而且马修曼他们的主要目的是占领殖民卫星，故我军一开始就要以最快速度去占据殖民卫星，以免被敌人侵入。消灭DC军后，洛夫他们率领着亲卫兵出现，同时我方援军亦在地图中央出现。第8回合或者将监察者击退后，姬丝驾驶着亚古多·德加并带着夏牙的爱机沙沙比、特洛瓦驾驶着重装高达改加入队伍中，美基波斯亦以枢密院特使的身份来到，说要让塞萨纳停止和地球的战斗。因为特洛瓦带着WING 0改装零件，所以现在可以将希罗的WING 0 CUSTOM化。
监察者和波赞达鲁：第74话 虚假的协定
由收集得来的情报中显示，现在殖民卫星中主张开战的人只占少数，而布列斯准将他们正奔走于各个卫星之间，希望能化解一次无谓的战争。至于他们的努力也得到了成果，桑古王国正渐渐回复到以往和平主义的道路上。可是DC军却在此时对桑古王国发动侵略行动，为维持殖民卫星联合现在的路向，布拉度下令各舰立即前去增援。
米利亚特（即塞克斯）是殖民卫星中少数的主战派中一人，而他为了显示与哈曼合作的诚意，要与隆德贝路舰队为敌。布拉度此时要考虑是否应和这些殖民卫星的部队开战：如果选择战斗的话，会给予好战派一个开战的借口；反之选择逃避的话，又会让其坐大。在衡量各方的利害之后，布拉度决定迎战。
对方的机体并不是很强，且命中率较低，米利亚特的艾比安虽然HP较高，但无法远程攻击，大可用1格以上的射程的武器“屈”死他。第2回合，水之魔装机神GADES（狄蒂）以及火之魔装机神GROUNVOLL（黄炎龙）赶到，不过因为没有替其改装所以很弱，还是不要让他们参战较好。第4回合，特列斯率领其手下出现，质问米利亚特为何要挑起战火，得到的回答是“为了人类的将来，必须要与地球联邦政府为敌”。原本就没有太大困难的战事，在得到特列斯的协助下，更是显得一面倒。
战斗结束后，布拉度便问特列斯这样的战争是否真的有所需要，而特列斯则回答既然对方选择了这条道路，那么我们也只得以武止戈。末了他又补充了一句，隆德贝路舰队是一支独立部队，可以自行决定应该要如何行事，并不需要盲目地听从上级指示。当特列斯和蕾蒂私下谈起时，他认为人类的未来是决定在莉莉娜手中，她必定可以继承他的理想，建立一个和平的地球圈。
监察者和波赞达鲁：第75话 不请自来的访客
美基波斯再度来访，向众人解释说他是直属于枢密院的特使，和塞萨纳来自同一个星球，而他们那里最高国家机关就是枢密院了。当他们正和地球方面作技术交流的时候，塞萨纳却违背了祖国的意愿，私自计划侵略地球。美基波斯此行的目的，就是向塞萨纳发出最后通牒，要他停止目前的活动。当隆德贝路舰队完成补给工作后，洛夫等人又出现在月面上。
在洛夫拒绝了美基波斯的劝告后，战斗就开始了。NPC的美基波斯不愧是监察者的小队长，实力非常强劲，根本无须担心他的安危，但是拥有如此强大力量的美基波斯却总是攻击实力差、HP最低的小杂鱼们，真是精明之极！而敌人则分布在三个地方，逐个将其击破的同时，也不要忘记在月面都市前筑起一道防线，阻止敌人进入月面都市。第3回合，白河愁和萨菲妮赶来助阵，前者的实力尚可，后者则有些危险，需要我军派些人前去照顾他们，免得被那两个小队长攻击。将监察者击退后，巴夫库兰星人又出现了，不过这些敌人实力不高，大可轻松应付。
自称是地球爱好者的白河愁，否认他是要利用隆德贝路先达到异星人，然后再由自己霸占地球的说法。布拉度觉得既然对方真是希望能为地球和平出一分力的话，也就准许了让白河愁和萨菲妮加入队伍中。据白河愁所说，塞萨纳其实就是那次令异星人大部分高官死亡的爆炸的幕后策划人，他的目的是要独占地球人的军事发展能力以及异星人高科技的优点，进而达到他侵占地球的目的。至于在NERV本部地下的第一使徒ADAM，则很可能是异星人、地球人以及使徒的共同祖先。
监察者和波赞达鲁：第76话 在命运之炎中
美基波斯认为与其等塞萨纳行动，不如自己这一方面先下手为强。据他所得知的消息，塞萨纳的据点就是在月球上，于是布拉度决定发起总攻。塞萨纳在战斗开始前，先阐述了他自己的那番理论棗即从人类以往血腥的历史中，认定这是一个低等的民族，而他本人是决不容许这种低等动物存在于银河之间的。美基波斯虽然是塞萨纳的同族，却对他的那番偏见不感苟同，美基波斯认为这只能证明他们是未成熟的种族，因此坚决执行枢密院的命令，不准对地球使用任何武力。
这场战斗可说是一场硬仗，特别是塞萨纳的机体巴兰，异常强劲。所幸那四名BOSS不会发动主动攻击，除非你进入其射程内。第4回合，张五飞驾驶着双龙高达出现在地图最上方，好在他的移动力不高，不会造成自动去送死的局面。如果先前说得东方不败的话，他也会在此出现并正式加入队伍中。
监察者和波赞达鲁：第77话 失败者的凯歌
受到莎莉邀请的隆德贝路舰队来到方布朗市，得知特列斯期望莉莉娜成为统一地球圈的推动者，但提倡完全和平主义的她现在实际是处于被幽禁的状态中，而桑古王国的大权，实际上已转移到她的哥哥米利亚特手上。至于他和DC的合作，正是联邦政府颇为头痛的问题。这时，突然收到报告说正有十个以上的殖民卫星正向地球移动！听到此消息后，众人无不大感震惊，因为若这些卫星真的坠落地球的话，肯定在地球上所有的生物都会全部灭绝。在这紧急情况下，隆德贝路舰队立刻离开月球，向着地球进发。
由于以炸弹来破坏殖民卫星可能会引起一些很严重及不可预料的结果，因此，赤木律子便提出利用一种名为“ICE SECOND”的物质来停止反应炉的活动，可是这项行动需要在每部机体上各自配备一枚，并将之安装在殖民卫星上才能发挥功效。
本话可派出16部机体，殖民卫星有14个，只要让机体停留在卫星顶部就可以停止其活动。当然除了要设置“ICE SECOND”外，还需抽空应付DC和殖民卫星联合的部队，其中尤以上方的哈曼部队较难对付。第3回合，特列斯带着援军抵达。当柯瓦特洛与哈曼发生战斗时，他会再次尝试说服哈曼放弃这个疯狂的计划，但由于对方始终执迷不悟，因此柯瓦特罗只好击毁她的机体，令她不能再为祸人类。（如果米利亚特是最后一个敌人的话，特列斯便会以自爆希望米利亚特醒悟）
在DC和殖民联合军失败后，剩下的敌人只有巴夫库兰星人，因对方失去了西洛克在物资上的支持，所以他们正打算以短期作战来和隆德贝路舰队一决雌雄。于是，特列斯就命令布拉度做好作战准备，以应付这最后的一战。
监察者和波赞达鲁：第78话 起始与终结集合之地
被隆德贝路舰队救回来的多萝茜，以为自己是鼓吹战争的其中一份子，应该受到制裁。可是卡多鲁对她说既然人类之间的战争已经结束了，所以大家应该忘掉以往的事而迎接和平的到来。卡拉拉这时也发现自己已经怀上了贝斯的孩子，正当贝斯向布拉度说明此事时，雷达上又发现敌人来袭，而且竟然是监察者！
原来夏皮洛接管了塞萨纳的残余部队，他还说自己的目标并不只是这小小的地球而是整个宇宙，对于他的狂妄，莎萝和藤原忍自然是非常愤怒，断空我主动出击迎战。但是夏皮洛使用了异星人的克隆技术，制造出五个分身来，必须打倒真正的夏皮洛才行。虽然不知道谁是正体，但是只要一个个打过来，总会有一个是真的吧？！而乌鲁巴少校竟然为了令恶魔高达复活，将铃作为其生命单元！当乌鲁巴的巨型尊者高达和铃的恶魔高达出现在多蒙面前时，一时间多蒙几乎失去战斗意识，所幸东方不败在一旁激励他要他去救出铃。在这一场战斗中铃是不能说得的，因此不要再白费工夫直接打倒她吧。
好不容易击败了恶魔高达和夏皮洛等人，此时巴夫库兰星人向隆德贝路舰队发动最后的攻击。这时，卡拉拉腹中的胎儿突然放出一阵红光，将她送到哈露露身边，姐妹俩一番长谈令哈露露弃暗投明。不过哈露露也因此受到同族人的攻击，隆德贝路舰队便要尽全力去救她了。而乌鲁巴和铃亦出现在最东面，只要派多蒙、东方不败等二、三个人去解决就可以了。此时不妨用激励给多蒙提高气力值，发动超级模式后的神高达还是很强的。先将乌鲁巴的巨型尊者高达毁灭后，再让多蒙去攻击恶魔高达，当其HP降至一半以下时，多蒙就会向铃告白（这可是高达史上号称最“无耻、大胆”的告白，因为原作中多蒙是当着整个地球圈人类的面说的，为何游戏中不将之全部配音呢？），铃挣脱恶魔高达的控制、飞入多蒙怀中，两人齐使爱的石破天惊拳，将恶魔高达彻底摧毁。但是，战斗并未结束，因为真正的夏皮洛驾驶着瓦路西奥出现了，在其力量下殖民卫星再度向地球坠落，危急时刻伊狄安的众人上前发动伊狄最大的力量，闪光过后他们和卫星一同消失了。此时捷利特驾驶着基·欧出现，而特列斯则乘机上前以自爆炸毁了瓦路西奥的结界装置。为了不辜负所牺牲的人，为了地球的和平，众人竭尽全力终于打倒了夏皮洛，加持则用自爆的方法和另一个幕后主使者碇司令同归于尽……
和平降临整个地球圈，一同战斗的伙伴们也到了分别的时刻，他们各自回到自己的家乡，开始新的生活……
